Az első vh. utáni trianoni békeszerződés következtében Csehszl.–ba kerülő reformátusok 1920-ban kezdték megszervezni önálló egyházukat, három egyházkerületet és tíz egyházmegyét alkotva. A Dunántúli Egyházkerület élén Balogh Elemér majd Sörös Béla; a Tiszáninneni Egyházkerült élén sorrendben Pálóczi Czinke István, Péter Mihály, Idrányi Barna és Magda Sándor, a Kárpátaljai Egyházkerület élén pedig Bertók Béla állt. Az egyházkerületek legfelsőbb közös szerve az Egyetemes Konvent volt. A három egyházkerület alkotta a Csehszlovákiai Református Egyetemes Egyházat, amelynek az 1930-as népszámlálás alapján 216 ezer tagja volt. A hívek 449 magyar nyelvű, tizenkét vegyes nyelvű és harmincegy szlovák nyelvű gyülekezetbe tartoztak. A csehszlovák állam a kezdetektől fogva diszkriminatív módon viszonyult a magyar egyházként elkönyvelt ~zal szemben, s noha az egyház törvényhozó zsinata már 1923-ban megalkotta az egyház alkotmányát, azt az államhatalom az első köztársaság teljes ideje alatt nem volt hajlandó megerősíteni. A református egyház Szl.-ban 245 iskolát tartott fenn. A lelkészképzést az 1925 szept.-ében megnyílt losonci Református Teológiai Szeminárium, a tanítóképzést pedig a Komáromban 1935-től működő református tanítóképző biztosította. A két vh. közötti időszakban a Csehszlovákiai Református Egyetemes Egyház jelentős szerepet töltött be a szlovákiai magyar közéletben, lapokat adott ki, kulturális, ifjúsági, karitatív szervezeteket működtetett. Az első bécsi döntés után a szlovákiai és kárpátaljai református gyülekezetek döntő többsége visszakerült eredeti, Trianon előtti egyházmegyéjéhez. Az önálló Szl.-ban Pozsonyban, Nyitrán, Zólyomban és néhány kisebb kelet-szlovákiai településen maradt jelentősebb számú, összesen mintegy 25 ezer főnyi református, akiknek mintegy fele szlovák anyanyelvű volt. Püspökük Böszörményi Sándor majd Szabó Béla volt. A jogfosztó intézkedések évei alatt az állam a református egyház ingatlanjait államosította, iskoláit bezáratta, korábban működő egyesületeit feloszlatta, azok vagyonát pedig elkobozta. Az egyház újjászervezését az állami ellenőrzés alatt álló Csehszlovákiai Egyetemes Református Egyház Szervező Bizottsága vette kezébe, amely a korábbiak mellé három új szlovák egyházmegyét is létrehozott, az egyház vezetését pedig a csehszlovák államhoz hű személyekkel igyekezett feltölteni. A lakosságcsere-egyezmény és deportálás következtében a nemzetiségükhöz erősen ragaszkodó református gyülekezetek jelentős veszteséget szenvedtek, s a szlovákiai magyar reformátusok száma mintegy egyharmadával esett vissza. A reszlovakizáció kényszerének viszont a református vidékek jobban ellenálltak, mint a katolikus falvak. Az 1948-as kommunista fordulatot követően a református egyház is az Állami Egyházügyi Hivatal felügyelete alá került. Az egyház 1951-ben új alkotmányt kapott, az 1952-es lévai zsinat pedig új egyházmegyei beosztást alkotott meg. A közéleti mozgásterét jelentősen beszűkített református egyház háború utáni első püspökét Varga Imre személyében 1953-ban választották meg. Őt Horváth Zsigmond, Mikó Jenő, Erdélyi Géza és Fazekas László követte a püspöki hivatalban. A szocializmus évtizedei alatt Csehszl.-ban a Cseh-testvér Evangélikus Egyház prágai teológiai fakultása biztosította a református lelkészképzést. A rendszerváltás óta a ~ szabadabban fejlődhet. A 2001-es népszámlálás szerint Szl.-ban 109 735 református élt. Ma az egyháznak kilenc egyházmegyéje van: hét magyar és két szlovák. A 320 egyházközség döntő többsége a magyar határ mentén található. A Zsinati Elnökség székhelye Komárom, a Püspöki Hivatalé Rimaszombat, a lelkészképzést a Selye János Egyetem Teológiai Kara biztosítja. Intézményeiket az 1989-es változások után hozták létre, főleg nyugati testvéreik jelentős támogatásával.